Clark volta para Smallville reprogramado como Kal-El. Com a intenção de cumprir o seu destino, Kal-El atinge os céus para roubar um poderoso cristal de kryptonite. Determinada a salvar seu filho, Martha pede ajuda à emissária de Dr. Swann, Bridgette Crosby, e descobre um novo e surpreendente tipo de kryptonite. Enquanto isso, Lois Lane vem para a cidade para investigar a morte de sua prima Chloe Sullivan, Lana regressa de Paris com uma nova atitude e um novo namorado, Jonathan está em coma e Lionel enfrenta uma nova vida na prisão.

Clark e Lois Lane estão investigando a aparente morte de Chloe, mas são impedidos por um oficial do exército, o General Sam Lane, que é o pai de Lois. Lois suspeita que o pai sabe mais sobre a morte da Chloe do que ele alega, e Clark descobre que Sam teve recentemente um encontro com Lex. Jason chega de Paris e convence Lana a continuar o relacionamento. Suspeitando que Chloe ainda está viva, Lionel manda um assassino que consegue transformar os seus braços em armas metálicas.

A cirurgia plástica ataca Smallville: Clark enfrenta uma jovem timida da escola que fez uma cirurgia plástica para realçar olhares e melhorar a sua popularidade. Entretanto as coisas vão mal quando ela descobre que sua beleza foi realçada com Kryptonite e isso causa danos às pessoas que a beijem. Por isso, decide que a sua nova vítima será Lana. Enquanto isso, Jason e Lana continuam escondendo de Clark o seu relacionamento.

Clark entra para a equipe de futebol e fica imediatamente com a posição de ataque após um antigo jogador ter uma briga com o novo assitente do treinador, Jason. Clark e Lois começam a investigar o curioso comportamento do ex-jogador e descobrem que as animadoras da claque estavam a envenenar a água que a equipe bebia com kryptonite, fazendo com que os jogadores se tornassem demasiado obsessivos com as namoradas.

Depois de Jonathan sair do hospital em metropolis, é assaltado e a sua carteira roubada. Clark vai em super velocidade atrás do assaltante mas fica surpreso quando não o consegue acompanhar. O ladrão, Bart (apelidado "The Flash"), aparece mais tarde na fazenda e tenta conversar com Clark sobre deixar Smallville para uma vida na estrada juntos, usando os super poderes deles. Enquanto isso, Lex compra um manuscrito sem valor aparente, mas com símbolos kryptonianos, onde Clark descobre existir um misterioso mapa escondido. Entretanto, quando Bart rouba o documento de Lex, ele coloca a vida de Clark em perigo e deverá fazer uma escolha para salvar Clark ou a si mesmo.

Clark ouve um ruído muito forte e doloroso graças à sua super-audição e vai até à cadeia onde Lionel está preso. Quando ele vê Lionel a tentar esfaquear Lex com uma estranha pedra incandescente, Clark segura a pedra fazendo com que os dois troquem de corpos. Descobrindo que o seu novo corpo tem super poderes, Lionel começa imediatamente a fazer um mau uso aos seus super-poderes. Preso entre barras sem os seus poderes, Clark deve descobrir uma forma de ter o seu corpo e poderes de volta para salvar os seus amigos e família.

Chloe está dentro de um jogo de dinheiro com um aluno intercambiário Mikail Mxyzptlk e perde o seu dinheiro num jogo de futebol, onde Mxyzptlk usa seus poderes para controlar todos os jogadores, incluindo Clark. Quando Chloe descobre o segredo de Mxyzptlk, ele sequestra-a e ameaça matá-la a menos que Clark desista do jogo. Enquanto isso, Lex ameaça Mxyzptlk de deportação a menos que ele use os seus poderes para os benefício de Lex.

Depois de Lana soletrar um texto latino de um livro escrito no século XVI, ela, Lois e Chloe ficam possuídas por bruxas que foram queimadas na fogueira. As 3 bruxas voltam em busca de vingança e procurando por poderosos cristais Kryptonianos, causando uma destruição na cidade. Clark tenta detê-las mas elas deixam-no sem poderes, uma vez que a magia é a única coisa que pode magoar Clark, e forçam-no a revelar a localização do cristal que ele escondeu na caverna.

Quando lex é acusado de assassinar uma mulher, Clark resolve provar a sua inocência e pede ajuda a uma improvável fonte - Lionel. Jurando que é um homem mudado, Lionel oferece a Clark todas as informações do crime, mas com uma condição. Enquanto isso, Lana conhece a mãe de Jason e tem um pesadelo onde aquela é responsável pela morte de Isobel, levando-a a suspeitar que a mãe de Jason estava lá quando ela ficou tatuada.

Uma experiência secreta de Lex na LuthorCorp sai errada e resulta numa perigosa toxina que é solta em Smallville. Aqueles infectados pela toxina, incluindo Clark, Lana, Lex, e Jason sonham com os seus piores medos se tornando reais e depois entram em coma. Desesperado para achar a cura, Clark ajuda Lex com um antídoto para a toxina e é impressionante o que Lex faz com o antídoto.

Alegando estar curada, Alicia é liberada do hospital Belle Reve e volta a Smallville para reatar o seu relacionamento com Clark. Inicialmente céptico sobre Alicia, Clark encontra-se feliz num relacionamento com alguém que sabe o seu segredo. Mas quando ela tenta avançar mais, ele hesita, fazendo com que ela use kryptonite vermelha nele. O Bad Clark ressurge e leva Alicia para se casarem em Las Vegas. Enquanto isso, Lana toma uma decisão importante na sua vida de forma a ter o Jason de volta.

Lana e Jason são atacados e quase mortos por um assaltante que não foi visto, e Alicia parece ser a primeira suspeita. Clark inicialmente defende a sua nova namorada, mas quando as evidências começam a acumular-se, ele é forçado a considerar que foi Alicia. Magoada pelas acções de Clark, Alicia faz com que Clark revele os seus poderes à frente de Chloe. Enquanto isso, a mãe de Jason volta para a cidade com uma oferta para Lex.

No esforço de recrutar Clark para a equipe de futebol deles, os Met U enviam a estrela da sua equipe, Geoff, para mostrar a Clark o campus da Met U. Entretanto, depois de um dos jogadores da Met U morrer em circunstâncias misteriosas e Lois ser presa pelo assassinato, Clark descobre que Geoff tem super poderes e está a usá-los para deter qualquer um que lhe fizer frente, incluindo Lois. Enquanto isso, Chloe continua a observar Clark para aprender mais sobre o seu segredo.

Enquanto conduz o seu carro, Lois acidentalmente atropela um cachorro e leva-o de volta para a fazenda para ele se recuperar. Clark percebe que ele não é um cachorro comum após o cão virar um carro ao tentar apanhar uma bola. Clark e Lois descobrem que o cachorro é um produto de uma experiência da LuthorCorp que não existe mais e estava a ser usado para cometer crimes. Mas quando Lois é sequestrada pelos assaltantes e Clark está fraco pela presença de kryptonite, fica tudo nas patas do cachorro para salvá-los. Enquanto isso, Lana questiona Jason sobre o seu envolvimento nos esquemas da sua mãe.

Depois de descobrirem que Jason e Lex estão na China à procura de um misterioso cristal kryptoniano, Clark e Lana seguem-nos na esperança de o encontrar primeiro. Clark descobre um artefacto que os levará ao cristal, mas ele tem de enfrentar Isobel, a bruxa, que está, mais uma vez, a habitar o corpo de Lana para conseguir o cristal para ela mesma. Enquanto isso, Lex tem mais informações sobre os cristais do que ele revela.

A irmã mais nova de Lois, Lucy, que não se dá bem com Lois, chega a Smallville e encanta todos os que ela conhece. Entretanto, Clark descobre um lado negro de Lucy após a ver roubando dinheiro de um bar e força-a a revelar a verdade sobre a sua repentina estadia em Smallville, uma verdade que coloca Lois em grave perigo. Enquanto isso, o cristal desaparece do apartamento de Lana e Jason acusa Lionel de roubá-lo.

Uma pequena visão do futuro de Lex Luthor é revelada depois de uma explosão de kryptonite, que divide Lex em dois e seu lado negro - Alexander - é liberado. Alexander imediatamente aprisiona Lex na mansão e começa as suas desordens, tentando matar Clark e Chloe num laboratório, combatendo Lionel e convencendo-o a regressar para o lado negro e finalmente, ameaça fechar o Talon se Lana não for morar com ele.

Chloe, atordoada, é nomeada para "Rainha do Baile" e tenta falar com os relutantes Clark e Lana para irem ao baile com ela. No entanto, depois de a sua rival Dawn, uma aspirante a Rainha do Baile, cair com o seu carro num barranco cheio de kryptonite, o espírito de Dawn é libertado e ela entra nos corpos de outras pessoas, fazendo-as agir fora de si. Como resultado, Lana pede para Clark ser seu par, Lois comparece ao Baile e Chloe encendeia a escola. Lex dá aos finalistas um presente especial, trazendo a banda Lifehouse para tocar no baile.

Kevin, um menino que tem o poder de tirar temporiamente a memória das pessoas, usa os seus poderes em Clark e faz com que ele fique com amnesia total. Chloe descobre o que aconteceu e deve ajudá-lo a não revelar o seu segredo aos outros. Clark reconhece Lana e apaixona-se novamente por ela, tendo o impulso de lhe contar o seu segredo. Lex aproveita-se da situação para obrigá-lo a revelar onde estão escondidas as três pedras do poder.

Clark e Lana descobrem um bebé abandonado num campo e levam-no até à fazenda dos Kent. Entretanto, o bebé recém-nascido parece envelhecer sete anos em cerca de dias, os dois percebem que ele está envelhecendo muito rápido e procuram uma cura antes que a doença o mate. Enquanto isso, Genevieve dá ordens a Lionel para que mate Lana ou irá mandá-lo para a prisão.

Clark deve impedir um fotógrafo da escola que simula uma escola secreta e começa a sequestrar estudantes - começando com Chloe - para continuar os dias de glória da escola para sempre. Lex e Lionel são sequestrados e torturados pelos Teague a fim de descobrirem o cristal. Entretanto, depois de Genevieve se aperceber que Lana tem o cristal, decide colocar um fim à caça de uma vez por todas.

Clark começa a juntar as peças do motivo pelo qual veio à Terra depois de ter um pesadelo de que algo horrível irá acontecer em Smallville, e vai para as cavernas procurar respostas de Jor-El. Seu pai biológico diz que ele deve reunir os 3 cristais imediatamente ou um desastre de proporções épicas irá cair sobre o planeta e até mesmo Clark não será capaz de deter. Enquanto isso, Lex ajuda Lana a escapar de Smallville depois da morte de Genevieve Teague e toma acções chocantes para agarrar um dos cristais de Lionel. Percebendo que os cristais estão ligados ao Clark, Chloe tenta impedir que Lex descubra a verdade.