Clark visita a fortaleza de solidão e Lana encontra uma nave espacial: Tendo sido transportado para a Fortaleza de Solidão, Clark é confrontado por Jor-El, que lhe diz que não pode regressar a Smallville e que ele deve ficar e salvar o planeta. Também transportada para a Fortaleza, Chloe é incapaz de suportar a temperatura abaixo de zero e desmaia, mas Clark usa os seus poderes para salvá-la. Jor-El proibe que ele saia, mas acaba cedendo, dizendo a Clark que ele deve voltar antes do pôr-do-sol ou haverá duras consequências. Enquanto isso, Lana fica horrorisada quando vê dois kryptonianos a sair da nave espacial, descoberta nos destroços da chuva de meteoros. Os dois aliens destroem o que sobrou da cidade procurando por Kal-El.

Clark perde seus poderes e começa um relacionamento com Lana: Jor-El tira os poderes de Clark, tornando-o humano. Encantado por finalmente ser "normal", Clark começa um relacionamento com Lana sem segredos. Porém, Lana, Jonathan e Martha acabam por ser reféns de três assassinos e Clark deve descobrir como salvar a sua familia sem os seus poderes.

Clark é baleado: Chloe é avisada por Gabriel (actor convidado Johnny Lewis) que este vai lançar um míssel e destruir Smallville. Ainda sem os seus poderes, Clark confronta Gabriel e acaba sendo baleado. No hospital, Clark morre e o seu destino é deixado nas mãos de Jor-El. Enquanto isso, Lex acredita que Lionel tem a chave para abrir a nave.

Aquaman salva Lois e o professor Fine descobre o segredo de Lex: Uma festa de verão no lago Crater torna-se dramática quando Lois bate a sua cabeça enquanto salta para o lago. Antes que Clark pudesse salvá-la, um misterioso nadador, Aquaman, (a.k.a. AC) chega para resgatá-la, nadando mais do que Clark e deixando-o surpreendido. Professor Fine (James Masters) conta a Clark que Lex está por de trás de uma operação secreta de manufaturamento de armas. A.C. invade o Centro Marinho da LuthorCorp numa tentativa de destruir um dos torpedos de Lex e é capturado por Lex.

Clark e Jonathan ficam assustados quando o Senador Jake Jennings, um velho amigo de Jonathan, chega na fazenda Kent procurando por apoio para sua camanha de reeleição. Entretanto, depois de uma jovem garota aparecer morta, é revelado que ela era uma stripper e que trabalhava para Jennings, fazendo dele o principal suspeito. Procurando por respostas, Chloe convence Lois a se disfarçar de stripper.

Clark é exposto a kryptonite prateada, que lhe causa ilusões paranóicas. A kryptonite prateada fá-lo acreditar que Chloe irá revelar o seu segredo, que Jonathan está armando um esquema junto com Lionel contra ele e que Lex e Lana estão tendo um relacionamento secreto. Chloe e os Kent procuram loucamente por uma cura, mas é o professor Fine que vem para resgatar Clark - mas não sem uma segunda intenção.

Depois que Martha contrai uma estranha doença e só tem algumas horas de vida, Clark procura o Prof. Fine, que convence Clark que Jor-El é o responsável pela sua doença e o único modo de salvá-la é destruir a Fortaleza da Solidão. Entretanto, quando os dois chegam na Fortaleza, o professor Fine tenta libertar Zod e matar Clark.

Lex é visitado pelo fantasma do futuro natal: Lex consegue um envelope com informações prejudiciais que destruirá a vida de Jonathan e ele deve decidir se vai usar essas informações que também trarão danos a Clark e Martha. Antes de decidir o que fazer, Lex é baleado e entra em coma. Ele sonha que a sua mãe o visita e lhe mostra a vida que ele poderia levar se se afastasse do seu pai e da LuthorCorp. Nessa vida alternativa, Lex está feliz e casado com Lana e com um bebé a caminho. Enquanto isso, Chloe pede para Clark usar os seus poderes para entregar presentes de Natal às crianças necessitadas.

A disputa de Lex e Jonathan fica feia: Jonathan recebe ameaças de vida de uma misteriosa fonte que deseja que ele desista da disputa pelo senado. Mais tarde, Clark encontra seu pai sangrando e aleijado e fica determinado a encontrar o agressor. Depois ele descobre que um grupo de seguidores de Lex está determinado a fazer de tudo para garantir que Lex ganhe a eleição. A vida de Lois é ameaçada quando ela é capturada e avisada que deverá assassinar Jonathan durante o seu discurso. Lionel oferece dinheiro a Martha para ajudar na campanha de Jonathan. Lana convence-se de que as respostas que ela está à procura estão na primeira chuva de meteoros.

Lex e Lana são feitos reféns: Os dois oficiais da polícia que testemunharam o pouso da nave espacial na chuva de meteoros raptam Lex e Lana e ameaçam matá-los a não ser que Lex revele onde ele escondeu a nave espacial. Enquanto tenta escapar do quarto de pânico na mansão, Lex é atingido por uma bala destinada a Lana. Temendo que Lex possa sangrar até a morte, Lana pede-lhe para contar aos oficiais a localização secreta da nave, mas ele confessa que a nave está desaparecida há semanas. Enquanto isso, Clark descobre que Lana tem pesquisado sobre a nave espacial com Lex e teme que ela esteja perto de descobrir o seu segredo.

O 100º episódio de Smallville transporta os telespectadores de volta para a Fortaleza da Solidão esquanto Clark implora para Jor-El salvar a vida de alguém que ele ama: No 100º episódio da série, Clark revela seu segredo a Lana, Jonathan e Lex conhecem o resultado da eleição para o senado e há um trágico acidente de carro na estrada que tira a vida de alguém que Clark ama. Desesperado, Clark apela a ajuda de Jor-El.

Clark conhece uma mulher vingadora: Clark descobre que uma nova repórter do Daily Planet - uma desajeitada mulher que usa óculos chamada Maya (Denise Quinones, ex "Miss Universo") - é, na verdade, uma vingadora mascarada que luta contra o crime à noite. Enquanto isso, a dor reprimida de Clark ameaça-o a fazer algo de errado.

Lois é alvo de um assassinato: O espírito de uma jovem rapariga é libertado depois de Lois encontrar um cadáver nas paredes do Talon. Clark e Lois devem seguir as pistas do espírito e encontrar o assassino dela, que tem perseguido raparigas de Smallville nos últimos 10 anos. Quando Lois é repentinamente sequestrada, Clark chega para resgatá-la.

Um simpático doutor liberta um sujeito metade humano/metade máquina chamado Victor (ator convidado Lee Thompson Young) que estava sendo mantido preso e sofrendo experiências pela LuthorCorp. Enquanto tenta escapar, Victor é atingido pelo carro de Lana (Kristin Kreuk). Depois de vê-lo sair andando sem nenhum arranhão, Lana chama Clark (Tom Welling) para investigar. Clark se torna amigo de Victor e promete ajudá-lo a encontrar sua namorada, mas Lex (Michael Rosenbaum) arma uma cilada para Victor e o leva de volta para a LuthorCorp. John Glover, Annette O'Toole e John Schneider também estrelam. O episódio foi escrito por Caroline Dries e dirigido por Glen Winter.

Brainiac convoca Lex: Lex descobre que o Professor Fine/Brainiac (actor convidado James Masters) está em Honduras e começa a enfrentá-lo. Clark conhece uma mulher fascinante chamada Simone (Nichole Hiltz) que usa um mágico charme para fazer com que as pessoas cedam aos desejos dela. Clark enfeitiçado revela-lhe os seus poderes e esta aproveita-se de Clakr e exige que ele mate Lex.

Jonathan Kent regressa: Ainda abalada pelo rompimento com Clark, Lana experimenta um soro perigoso que a faz entrar em coma e ver os seus falecidos pais novamente. Um Clark preocupado corre para salvar Lana de se magoar, mas acaba por ser injetado com um soro de kryptonite por um médico (Patrick Currie). Quando Clark entra em coma, ele consegue falar com o seu pai Jonathan, morto recentemente, que o avisa que Lionel sabe o seu segredo... Enquanto isso, Lionel continua a aproximar-se de Martha.

Estreia de Tom Welling como realizador - Clark e Martha recebem uma rapariga, Maddie (actriz convidada Emily Herst), depois da sua mãe adoptiva ser brutalmente esfaqueada até a morte. Entretanto, depois de se descobrir que Maddie tem o poder de quebrar vidros, ela torna-se a primeira suspeita. Enquanto isso, Chloe surpreende Lex e Lana durante um momento íntimo...

A vida de Martha está em perigo e só Lionel a pode salvar: Um torturador mascarado (actor convidado Ian Tracey) faz de Lionel (John Glover) refém e planeia uma série de jogos elaborados que Lionel deve ganhar para se manter vivo. Depois de Clark contar a Martha que Lionel sabe o seu segredo, ela vai confrontá-lo, mas inadvertidamente se torna um peão no jogo do torturador e acaba por ter de lutar pela sua vida.

Clark confronta Lana acerca do seu relacionamento com Lex: Enquanto está em Metropolis, Clark salva a vida de um estranho chamado Graham, que promete retribuir Clark pela sua generosidade. Infelizmente, Graham revela-se ser um assassino com a habilidade de se camuflar e ele decide que matar Lex seria o melhor presente que ele poderia dar a Clark. Enquanto isso, Clark confronta Lana a respeito do relacionamento dela com Lex.

Clark é visitado pelo fantasma do pai: Clark fica espantado quando vê o fantasma do seu pai no cemitério, mas fica ainda mais confuso depois de Jonathan lhe dizer que ele deve matar Lionel. Enquanto isso, Lex desenvolve uma vacina para o vírus mortal de Fine (actor convidado James Masters), mas Fine intervém e injeta a vacina nele, o que causa uma reação de choque em Lex.

Brainiac traz o caos ao mundo e exige um grande sacrifício de Clark: Brainiac (participação especial de James Masters) desencadeia um vírus mortal que vai matar milhões de pessoas, e recusa-se a entregar a vacina a Clark a menos que ele liberte o General Zod. Clark recorre a Lionel, que serve mais uma vez de canal para Jor-El. Enquanto isso, Lex está embriagado pelos seus novos e recém-descobertos poderes e divide isso com Lana, que decide permanecer ao lado do seu novo homem, sem saber que o choque que mudou a vida de Lex tem ligação com as maquinações malignas de Brainiac.